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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显视出广泛性的怪物吸附性，有抗恶性肿瘤和抗病力毒使用。普通，三萜是按照甲羟戊酸路径提炼的，并从天然冰作物和白色念珠菌中截取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发稿了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科研参考文献。该科研察觉到三萜类单质灵芝粉粉酸（GA）是能够介质致力于的无柄灵芝粉粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物工程体导出诞生的。顺利通过转录组和血清质组学技术设备水平进步骤探索世界无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT诞生每种灵芝粉粉酸（GA）的长效机制，并随着几组学技术设备水平论文检测到的差别DNA和差别血清，得出DHT 生物工程体镶嵌 GA 的前提条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和作用分级

顺利通过对无柄灵芝粉细菌菌丝体做好转录组测序共受到67230个转录本和14296个单DNA。在这个单DNA中，496个被鉴定费为差距描述出来出DNA（DEGs），中仅213个描述出来出上涨，279个描述出来出上涨（图1A）。GO丰度讲解后，DEGs涵盖生物制品方式中（BP）、组织核材料（CC）和分子设备构造功能键（MF）3类。在BP专业行业类中，冒出了前两个子专业行业类：抗菌药分离分解率方式中，醋酸钠盐分解率方式中和甲酸盐分解率方式中 ;而在CC专业行业类中，组织核外区、突触塑料体、突触设备构造是前两个亚类。这对于MF专业行业类，甲酸脱氢酶（NAD）亲水性、被氧化重现酶亲水性和酸氨（或酰胺）拼接酶亲水性是前两个亚专业行业类（图1B）。在DEGs的KEGG环路讲解中，前30条丰度度更高的环路中含27条是分解率，中仅甲烷气体分解率、乙醛酸盐和二羧酸盐分解率、丙酸盐分解率信息环路相关性丰度（图1D）。

图1|转录成分析和模块分级

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

经由对无柄灵芝粉白色念珠菌菌丝体来开始淀粉酶质组学研究深入定量概述，共有判定了16,457种个性肽、2606种淀粉酶质和2588种参考值淀粉酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的挑选情况下，在这些2606种淀粉酶质中，94种被鉴定费为性别差异化展现淀粉酶（DEPs），这之中52种上涨，42种调低（图2A），图2C出现了性别差异化展现淀粉酶的聚类深入定量概述研究深入定量概述热图。从GO研究深入定量概述方面看，BP类属出现，普遍数DEPs参与活动乙酸盐化解历程、四环素化解化解历程和中药化解化解历程。CC类DEPs在肿瘤細胞外区、过阳极氮化合物酶体和微体中比重非常高，阳极防氧化修复酶活力性和甲酸脱氢酶（NAD）活力性在MF类中DEPs的的比例非常高（图2B）。与转录组结局类同，KEGG径路研究深入定量概述出现，众多DEPs在化解中聚集，这之中3条最聚集的有效途径是光合生物学制品中的碳不变、碳化解和MAPK信息径路（图2D）。不仅而且，经由研究深入定量概述GO数据资料库的CC对DEPs来开始亚肿瘤細胞标记研究深入定量概述和注脚（图2E），DEPs包括分散在肿瘤細胞质（40.66%）、肿瘤細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），实际上是GAs生物学制品转化成的包括地段。

图2|血清质组的按量进行分析和基本功能安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物转换和剖析组得票数DEGs和DEPs加工了维恩图，有20个的差异把你想抒发出来什么是遗传表观遗传（图3A）。对转录组和核苷酸质组中E组和C组共同拥有的DEGs/DEPs做聚类剖析法剖析，感觉mRNA和核苷酸质内有14个上涨什么是遗传表观遗传和4个上涨什么是遗传表观遗传，DEGs和它的翻译英语的DEPs把你想抒发出来情况呈正相应，由于Pearson的相应指数剖析，在转录组和核苷酸质组内监测到相比较高的相应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）在线检测然而表现，E组和C组18个DEGs的呈现出来水平面相互影响显著性，各举9个为上涨DEGs，3个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的呈现出来动向与转录多组分析然而不对。

图3|蛋白酶质组的按量具体分析和工作检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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