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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿程序最喜欢见的症状其一。肾团体中CaOx多晶体过饱满累积会会造成肾小管受损细胞损坏和凋亡,于是会造成肾结石的确立。短链皮脂酸由直肠内水解酸化池日常细菌食物发酵饮食营养纤维板发生,不止在高斯模糊直肠第一道防线中更好地发挥出来的功效,同时在程序标准上也更好地发挥出来根本的功效。里面,丁酸是最多种多样的短链皮脂酸,体现了抗感染和免疫抗体可以抑制的功效,本科研浅谈丁酸对CaOx肾结石的的功效以及其因素靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医疗泌尿整形外科吴忠传授、周子健博士研究生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠教学、周子健博士生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱菌物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了手机网络药学学服务管理,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

论文公司名称:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 客服组织:华山专科医院 探究人:大鼠、HK-2细胞核 分组进行信息内容:對照组(Con)、三维模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱提供了枝术:无线网络药学学论文检测

想法标准步骤

探索结杲

深入分析员工关键在于构造 大鼠整治,实现生理上什么是生化指标英文和企业病理学学染色法等深入分析方式方法挖掘丁酸都可以下降CaOx整治大鼠肾CaOx结晶的养成和拉伤,缓解CaOx整治大鼠的炎症病变拉伤和腐蚀化合物的导致过度抒发。显然,丁酸还可压制草酸帮助的HK-2生殖上皮细胞拉伤、腐蚀应激状态和生殖上皮细胞凋亡。 为探求丁酸组成的和靶什么是染色体遗传组遗传数值网路,统计数据浅析技术人员从PubChem修改丁酸和丁酸酯的二维和3D组成的(图1A)。能够 PharmMapper数值库和Uniprot数值库治理后共建立出11八个丁酸靶什么是染色体遗传组遗传供进几步统计数据浅析。将什么是染色体遗传组遗传汇总导出来STRING数值库,完成PPI数值网路统计数据浅析。Cytoscape给于了排名的前20的核心靶什么是染色体遗传组遗传的详解数值网路图,其中包括CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。这种核心什么是染色体遗传组遗传与数值网路中的另一什么是染色体遗传组遗传均现象出千万的关联性,说明书这种什么是染色体遗传组遗传或者更好地激发着协同管理反馈。GO和KEGG统计数据浅析阐明了丁酸核心什么是染色体遗传组遗传的关联方式和微生命科学效果(图1C)。核心什么是染色体遗传组遗传最基本与类固醇肾上腺素回应、钝化的应激不起意义反馈回应、几丁质酶氧肿瘤细胞对类固醇肾上腺素激刺的反馈各类对咸性催化物质的反馈相关的英文。上述讲到指出,这种核心什么是染色体遗传组遗传最基本陆续参与了钝化的应激不起意义反馈和对几丁质酶氧的微生态学反馈操作过程,是肾结石组成机能中至关主要的方式,这说明丁酸或者在肾结石中更好地激发主要反馈。

图1| 丁酸结构设计与靶基因组系统深入分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进一点经历丁酸对CaOx肾结石真实切靶遗传表观遗传,论述论述分析探讨考生知道GEO大参数系统库对GSE73680中身体相较比较与CaOx肾结石人的遗传表观遗传差异化知道了论述论述分析探讨。相较比较组与CaOx结石人的相应的系数性力差异化呈现遗传表观遗传(DEGs)塞查要求为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共淘汰到3783个遗传表观遗传遭受相应的系数性变换,其中的3379个(89.4%)遗传表观遗传呈现调整,404个(10.6%)遗传表观遗传呈现再降(图2A)。对DEGs知道聚类分析算法论述分析,热图表现了前10个被选中DEGs的二维分类聚类分析算法结构特征(图2B)。后来,论述论述分析探讨考生使用GeneCards大参数系统库人工费亲子鉴定了370个有机会与CaOx肾结石相应的的遗传表观遗传,排明前20位的精准预测遗传表观遗传以至于相应的性打分就像文中2C如下图所示。以便找回丁酸治愈CaOx肾结石的至关重要靶点,论述论述分析探讨考生将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石相应的遗传表观遗传加工得以一个多个Venn图。终结,CYP2C9被知道为丁酸后果CaOx肾结石的存在靶点(图2D)。除外,论述论述分析探讨考生还知道了丁酸与CYP2C9的原子核指导,CYP2C9的3个核苷酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸彼此能力,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在凭借数据网络药理学学予测CYP2C9是丁酸后果CaOx肾结石的靶dna后,深入分析人数还按照肿瘤体细胞调查证明了CYP2C9可缩减草酸介导的HK-2肿瘤体细胞的ROS总体水平、细菌感染神经损伤和凋亡。

图2| 半数以上据库连合介绍推测CYP2C9是丁酸帮助于CaOx肾结石的靶dna

科研结果显示

本的研究率先得知丁酸在身体和身上均能仰制CaOx肾结石整治的脱色应激反应状态和细菌感染直接板材损害,接着采用网药学学挑选取得丁酸直接影响CaOx肾结石的潜在的靶点——CYP2C9,第三采用组织生殖细胞实验设计否认CYP2C9在草酸盐分析的HK-2组织生殖细胞ROS横向、细菌感染直接板材损害和凋亡。某些得知发现丁酸能够采用仰制CYP2C9来仰制CaOx肾结石的脱色应激反应状态,解决细菌感染直接板材损害。哪一的时候中拜谱海洋生物制品能提供了网药学学系统工艺货品,还有就是拜谱海洋生物制品可挺高成长改进的基因遗传组学、淀粉酶质组学、分解代谢组学等两组学货品及系统工艺货品,邀请拨通咨询了解! 关联性专著:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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