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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > Nature Plants(IF=15.8)| SUMO表达核营养素组新方式 提出来!营造全新升级SUMO化核营养素组参数库!

Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化体现不是种必要的当地翻译后体现,SUMO分子结构实现在E1纯化酶、E2整合酶和E3接酶的参入下共价整合那么到底物球血清酶赖氨酸残基上,在把握绿植的发展、有营养数据信息牵张反射和胁迫反应迟钝中起着必要使用。SUMO化球血清酶和SUMO体现步骤中相关内容酶的缺少也会造成的绿植的发展出现异常也死忙,这证明SUMO化体现在缓解绿植的发展发展步骤中起着管理的本质使用。因现如今在绿植的中被技术亲子鉴定出的SUMO化球血清酶用户较少,另外SUMO 化在绿植的中的丰度较低且动态展示性较高,从而技术亲子鉴定SUMO化球血清酶和 SUMO化位点是相当有试炼性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程老师(拜谱微生物媒体合作合理家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以创建一堆种二步赖氨酸不足SUMO生物富集技巧,建设了最新上线的植被SUMO化血清质组数值库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英文翻译提题:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

英文版标题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

投稿论文期刊:Nature Plants

影响力因素:15.8

调查基本思路

图1研究方案思绪图

设计结果显示

01、拟南芥K0-SUMO1蛋白质含量质酚类化合物析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,作著进一个步骤经由提高的二步亲和聚集方案展开质谱深入分析,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化体现球蛋白质含量组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化表达淀粉酶和位点的印证

以便手机验证隐藏的SUMO1球蛋白,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并对其进行了休外试验。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以确认SUMO化装饰位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化球蛋白和位点的身体外核实(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热勾起淀粉酶质组的按量更加

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT血清质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 为TMT的一定量淀粉酶质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱总结ppt

本研究从蛋白质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以制定另外一种精确度度越高的SUMO化球蛋白纯化和质谱检查形式。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热勾起蛋清定量分析相比表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化遮盖淀粉酶酶质组是针对特色文化遮盖货品,按照科学规范的生物富集枝术、一流的Astral器材可确保SUMO化淀粉酶酶和位点的高品的品质排除。此外,王鹏程副教授为拜谱科研专家团队组员,在好新产品开发部方式中为我局给出职业提议和检查指导,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

基准文献资料:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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